管植物的少女與人類男孩“鯤”的靈魂的奇幻故事。影片《大魚海棠》發生的場景源自中國客家土樓，主人公椿是一個居住在“神之圍樓”里的女孩，在十六歲生日那天變作海豚到人間巡禮，卻被大海中的漁網困住，掙扎中被一個人類男孩所救，而男孩卻落入深海死去。為了報恩，她開始在神的世界裡秘密飼養那個男孩的靈魂---一條拇指大的魚，直到有一天，它成長為江河也不能容下的鯤並回歸大海，男孩終於獲得重生，但這一過程卻不斷地違背“神”的世界規律而引發種種災難……