1991年，以錄像電影《暴風！迷你巡邏隊》開始導演生涯。

1995年，三池崇史製作了首部影院原創作品《新宿黑社會》   。1996年，拍攝動作犯罪片《戰國極道志》，該片講述了一個少年為父報仇血刃仇人的故事，被《時代周刊》評選為當年的十大佳片之一，同時獲得波爾圖國際電影節的評審會特別獎。

1998年，拍攝動作片《中國的鳥人》，該片改編自椎名誠的同名冒險小說的一個章節，講述了日本的小職員“和田”和黑社會分子“氏家”來到中國雲南尋訪傳說的故事。同年，執導青春片《岸和田少年阿飛隊·望鄉》，該片是溫哥華國際電影節參賽作品。此外，三池崇史還與吳宇森一起被美國《時代》雜誌評為最受期待的10位非英語導演之一   。

1999年5月，拍攝“黑社會三部曲”的最後一部——黑幫片《日本黑社會》，三池崇史借主人公的墮落軌跡展現了東京街頭陰暗而迷醉的一面，該片以尋找犯罪的根源為開端，以一個警察與黑幫人物的較量為導火索   。10月，執導愛情片《切膚之愛》，該片改編自村上龍的小說，獲得鹿特丹國際電影節的國際影評人聯盟獎和荷蘭影評人協會獎   。同年，執導動作片《生存還是毀滅·犯罪者》，獲得第12屆東京國際電影節亞洲之風-亞洲電影獎-特別關注獎。

2001年12月，拍攝動作懸疑片《殺手阿一》   。同年，拍攝恐怖片《搞鬼小築》，獲得瑞哈爾梅國際奇幻電影節評審會特別獎。2002年，三池崇史翻拍深作欣二的動作犯罪片《仁義的墓場》，該片以藤田五郎的小說為基礎，但思想上則賦予了完全不同的意義   。2003年5月，執導動作恐怖片《極道恐怖大劇場：牛頭》，由加藤雅也主演，該片作為錄像電影首次在坎城國際電影節展出，同時獲得西赫斯加泰羅尼亞國際奇幻電影節評審會特別獎   。6月，執導動作片《鬼哭》。

2004年，三池崇史與武知鎮典合作恐怖片《許願者》。8月，與武知鎮典聯手拍攝動作片《以藏》   。2006年11月 ，三池崇史作為唯一一個日本人，與13位恐怖電影師製作拍攝恐怖片《鬼伎回憶錄》，該片由於觸犯了比較緩和的有線電視的播放尺度，在北美被禁止放映   。2007年，執導改編自高橋弘漫畫作品的動作片《熱血高校》。2008年，執導面向青少年兒童的科幻連續劇《手機探員7》   。

2009年3月，執導改編自同名動畫的動作喜劇片《小雙俠》，該片講述了維護正義的小雙俠和壞人海盜三人組之間的故事   。4月，執導改編《熱血高校》續作《熱血高校2》   。2010年，三池崇史執導戰爭歷史片《十三刺客》，該片入圍了鹿特丹電影節，三池崇史獲得第5屆亞洲大獎導演獎提名   。2011年，執導動作歷史片《一命》，該片改編自瀧口康彥的小說《異聞浪人記》，講述了一名貧窮的武士如何走上切腹之路的故事，是歷史上首部進入三大電影節（坎城、威尼斯、柏林）主競賽單元的3D真人電影   。

2012年2月，拍攝根據遊戲改編的懸疑片《逆轉裁判》     。6月，執導根據梶原一騎和永安巧聯合創作的同名漫畫改編的愛情犯罪片《愛與誠》，該片入圍第65屆法國坎城國際電影節   。10月，翻拍同名小說改編的犯罪驚悚片《惡之教典》   。

2014年，拍攝改編自漫畫家高橋生同名漫畫的真人警匪片《鼴鼠之歌》   。拍攝取材自江戶時代民間傳說創作的歌舞伎名劇《東海道四谷怪談》的恐怖片《喰女》，該片講述被丈夫拋棄並殺害的苦命女子阿岩化作怨靈復仇的故事   。同年，執導根據金城宗幸原作、藤村緋二繪製的同名漫畫改編的驚悚片《誠如神之所說》，獲得第九屆羅馬國際電影節特別貢獻獎   。

2015年，執導個人首部英語片《局外人》，由湯姆·哈迪主演   。同年，執導黑幫片《極道大戰爭》   。此外，還執導改編於同名漫畫的科幻片《火星異種》   。2016年，拍攝《鼴鼠之歌》續篇《鼴鼠之歌2：香港狂騷曲》   。執導真人漫改電影《無限之住人》和《JOJO的奇妙冒險：不滅鑽石第一章》   。 拍攝武俠傳奇劇《刺唐》   。2017年，拍攝面向女童的特攝系列劇《偶像戰士小奇蹟》   。

2018年，執導作家東野圭吾原作《拉普拉斯的魔女》改編的電影   。執導首部華語電影《不良人的遊戲》，秋冬開機   。2019年4月，執導的電影《First Love》入圍第72屆坎城國際電影節導演雙周單元   。

個人生活

父親是三重縣尾出身的板金工，師從今村昌平、恩地日出夫   。