1993年2月5日，以王靖雯名發行粵語專輯《執迷不悔》，專輯曲風有靈魂樂式的演唱色彩，造型前衛，濃重的妝容，主打歌《執迷不悔》是她首次嘗試歌詞創作，而執迷不悔更是她個性的真實寫照，並讓王菲獲得香港十大中文金曲獎、十大勁歌金曲。

1993年，王菲回港，並發表了《十萬個為什麼？》，雖然封面署名還是“王靖雯”，但她已經越來越多地以“王菲”本名面對媒體，也會以本名出現在詞曲作者中。

1994年4月，發行首張國語大碟《迷》，第二周登上台灣金曲龍虎榜國語銷量榜冠軍，並在前十名停留14周。主打歌《我願意》被眾多歌手翻唱，是被翻唱成最多外國語言的中文歌曲。台灣累計銷量突破80萬，上半年以45萬的銷量成為女歌手銷量冠軍，亞洲累計銷量突破200萬張。

1994年6月，推出粵語專輯《胡思亂想》。王菲將英倫元素融入之中，開創了香港英倫音樂主體風格的新紀元，大碟以不全的漢字為封面。王菲在改編歌曲《夢中人》中大量使用咽音技巧，並成為後來其標誌性唱腔。專輯獲香港IFPI唱片銷量榜3周冠軍，並在前十名停留7周，在港銷量累計破三白金15萬張。 

1994年11月，發行第二張國語大碟《天空》，唱片推出第二周便登上台灣金曲龍虎榜國語銷量榜冠軍。在主打歌《天空》中王菲展現了空靈通透的聲線，該專輯也成為眾多專業發燒士試音首選。《棋子》是香港電台冠軍歌曲，清唱開頭的《矜持》和拖音吟唱的《天使》，亦清新脫俗。《天空》在台灣金曲龍虎榜銷售榜前10名停留23周，台灣年度銷量近80萬張，台灣累計銷售點數78660點，台灣累計銷量衝破100萬，全亞洲累計銷量突破350萬張。

1994年12月，發行粵語大碟《討好自己》整體凸顯英倫風格，王菲在專輯中全面展現她特立獨行，無拘無束的個性，並首次嘗試作曲，創作了《討好自己.》和《出路》。張亞東寫了《飄》，該專輯在香港IFPI唱片銷量榜前十名停留10周。香港累計銷量突破三白金。

1995年，發行翻唱專輯《菲靡靡之音》，王菲用自己的風格和全新的編曲去演繹。專輯在台灣金曲龍虎榜國語銷售榜前10名停留16周。台灣累計銷量達70萬張，香港達雙白金逾10萬張，在香港IFPI唱片銷量榜前十名停留8周。新加坡逾6萬，亞洲累計銷量突破250萬，該專輯是新加坡年度女歌手銷量冠軍。

1995年12月，推出粵語專輯《Di-Dar》，第二周登上香港IFPI唱片銷量榜冠軍，並在前十名停留10周，在港累計銷量衝破三白金15萬張。林夕作詞9首是他首次大批量為王菲作詞。王菲創作了《Di-Dar》和《假期》。專輯風格英倫迷幻，編曲精緻、醇厚，富概念意味。《曖昧》，《迷路》，《流星》等5首歌雄霸香港四大排行榜獲得冠軍，Di-Dar（香港四台冠軍），假期（雙周冠軍 ）。《Di-Dar》也成為產生冠軍單曲最多的粵語唱片。這張專輯是王菲最後一張粵語專輯，從1996年開始王菲再沒有推出粵語專輯，只是在每張國語大碟中象徵的加入一兩首粵語歌曲，此後的她更是將影響範圍輻射至香港以外的台灣，新馬，日本等整個亞洲地區。

1996年5月，發行國語大碟《浮躁》。王菲徹底拋棄商業考慮，《浮躁》是王菲最圓滿的藝術嘗試。張亞東監製全輯，專輯以王菲自由自在的狀態為主導概念，刻意淡化了歌詞的作用，歌曲吟唱則用簡單重複的音節強化標題模繪的況味，於是成就了這張完全由“意識”或“潛意識”主導的概念專輯。在這張專輯中，沒有一首抒情商業化歌曲，整體氛圍統一，但在那個年代，這張作品過於偏離了華語樂壇的傳統，導致銷量不高。但其開創性在國外卻大受褒揚。王菲因此登上了美國《時代》雜誌封面。

1996年，王菲錄製了《玩具》和《自便》兩張EP，其中收錄的歌曲是王菲於1996年在新藝寶公司錄製了10首粵語歌曲，因為王菲懷孕，結婚，導致不能進行唱片宣傳，再加之與新藝寶的契約到期，新藝寶便一張專輯的歌曲打散出版於兩張EP中，以對抗王菲之後所簽約的百代公司。

1997年，王菲生下竇靖童後，正式以簽約費6000萬港幣與百代唱片簽約，王菲的要求是：不再出粵語專輯。同年，她在百代的首張國語專輯《王菲》推出。此張專輯中 ，張亞東同樣監製了三首，分別為 《你快樂（所以我快樂）》、《悶》和《懷念》。由於專輯缺少粵語歌的支撐，發行時也正逢亞洲金融危機，此唱片在香港的銷量並不盡如人意，但在台灣卻賣出50萬張以上。掌握王菲早前歌曲著作權的新藝寶推岀精選集《菲賣品》與之對抗，銷量甚至超過了這張《王菲》。

1998年春節，王菲與那英在春晚合唱一曲《相約1998》，讓這首歌成為1998年的大熱。1998年秋，王菲推出《唱遊》，整體風格比上一張大氣活潑很多，聲線也一掃之前的慵懶風格，大肆運用美聲、顫音、拖音、假聲、氣聲等技巧。

1998年9月，推出全新大碟《唱遊》，專輯中王菲大量運用美聲、顫音、拖音、假聲、氣聲等技巧。專輯概念定位天馬行空，無拘無束。王菲譜曲四首歌：《感情生活》，《臉》，《小聰明》，《童》。《臉》中美聲唱法和自己的獨特聲線交錯，林夕靈光浮動的好詞於王菲口中更恍如天籟！《紅豆》（粵語版《償還》）紅透華人世界，adrian chan作曲的《情誡》上榜首周即成為香港四台冠軍歌曲。專輯在香港IFPI唱片銷量榜前十名停留8周。蟬聯馬來西亞RIM中文唱片銷售榜7周冠軍銷量逾10萬張，是1998年馬來西亞女歌手銷量冠軍，在新加坡SPVA銷量榜前十名停留6個月，是1999年度新加坡專輯銷量冠軍。日本銷量破15萬，亞洲累計銷量超過250萬張。 

1999年2月，單曲《Eyes on Me》在日本發賣，並打入日本Oricon銷量榜第九位，在日勁銷35萬，成為日本外語唱片銷量冠軍，奪得“日本金唱片大獎”創造了華語歌手在日本最高排名和銷量紀錄，該碟在台灣IFPI單曲銷量榜蟬聯5周冠軍。

1999年9月，發行國語大碟《只愛陌生人》。大碟在香港IFPI銷量榜蟬聯雙周冠軍，新加坡年度銷量冠軍大碟。亞洲累計銷量超過200萬張。

2000年，發行國語專輯《寓言》。這張專輯割裂為兩部分：前5首用複雜宏大的編曲和沉重的背景樂表達了一個完整的概念；後5首中也有流行度很高的“笑忘書”。“寒武紀”厚重的風格類似電影配樂、“新房客”偏向明快的電子風格。《寓言》曾獲選為台灣中華音樂人交流協會2000年10大專輯，主打歌曲《笑忘書》成為2000年十大單曲。

2001年，王菲推出在EMI最後一張的中文唱片《王菲》，與在百代的第一張《王菲》同名。這次，王菲開始嘗試與各地音樂人進行合作，包括新加坡的蔡健雅，台灣的伍佰和深白色，內地的三寶、金武林，以及香港的人山人海，謝霆鋒為她創作的《迷魂記》也收錄其中。這張專輯得上是王菲曲風最多元化的一張。專輯發布後，銷售開出紅盤，在日本的最高成績是Oricon專輯銷量日榜第14位。10月和11月，王菲再次登錄日本，在大阪與東京武道館召開全面體演唱會。

2002年，王菲與Sony Music簽下四張唱片的契約，並在2003年推出新專輯《將愛》，在這張專輯中，王菲放棄了與香港人山人海班底的嘗試，亦沒有再繼續兩岸三地+新加坡“大雜燴”道路，由她自己和張亞東擔當唱片監製。她寫了《將愛》、《不留》、《陽寶》、《四月雪》的四首曲，張亞東也貢獻了電子樂風濃厚的《夜妝》和《煙》。離上次《王菲》（1997年）翻唱CocteauTwins時隔7年後，王菲再次翻唱歐美歌手，這次將目光投向了瑞典歌手Sophie Zelmani，原曲被改編為《乘客》及粵語版《花事了》。跟上一張專輯相同，這張專輯中依然收錄了謝霆鋒的一首創作《MV》。除了《將愛》的搖滾風格，整張唱片的編曲方向從百代時期的絢爛繽紛轉向了內斂澄淨，仿佛也預示著她已嚮往清平無心在娛樂圈戀戰。

2003年底，王菲再於香港紅磡體育館連開8場《菲比尋常》演唱會，隨後的2004年至2005年在上海、西安、北京、杭州、台北、廣州等地召開巡迴同名演唱會。雖然沒有再推出新專輯，但王菲在電影方面卻開始活躍，接連出演了《天下無雙》、《大城小事》和《2046》等。而且也為《天下無雙》、《英雄》、《我愛你》和電視劇《笑傲江湖》演唱了主題曲。 

2005年5月底，王菲的經理人陳家瑛向媒體表明：王菲已開始“無限期休息”，而張亞東也對媒體透露，她已經不打算再唱歌了。

2008年至2009年間，已經宣布“無限期休息”的王菲進行了兩次登台表演。第一次為2008年5月18日晚，她參與央視為汶川大地震募捐的賑災晚會，與陳奕迅、楊乃文、阿牛一起合唱《但願人長久》。第二次是在2009年5月8日晚，王菲參加陝西法門寺合十舍利塔落成暨佛指舍利安奉大典的大型文藝晚會彩排，現場演唱歌曲《心經》。這場大型晚會第二日正式演出時因天氣原因被迫取消。